マクロスプラス

イサム、ガルド、ミュンは幼い頃から惑星エデンで共に育った古くからの友人だった。イサムとガルドは航空の道を志し、ミュンは歌手になることを夢見ていた。しかし、高校卒業時に起きた予期せぬ出来事が三人を引き離し、それぞれ別々の道を歩むことになる。ミュンは歌手になる夢を諦め、現実的なビジネスウーマンへと変貌した。 2040年、統合軍はヴァルキリー戦闘機の後継機として、次世代可変戦闘機を開発する「スーパーノヴァ計画」を発動。ガルドはゼネラル・ギャラクシー社のテストパイロット主任として、惑星エデンのニューエドワーズ基地でYF-21のテストを担当していた。一方、統合軍中尉となったイサムも故郷に戻り、テストパイロットとして競合チームのYF-19の試験飛行に参加する。シャロン・アップルのマネージャーとなったミュンは、会社のプロモーション活動でエデンを訪れていた。こうして偶然が重なり、三人は同時に故郷に帰還する。この再会は、彼らが長年胸に秘めてきたわだかまりを呼び覚ます。新たな対立と古い確執が絡み合い、イサムとガルドはスーパーノヴァ計画の中で激しい競争を繰り広げる。 その頃、統合軍は有人機に代わる無人戦闘機「ゴーストX-9」を開発する極秘計画を進めており、第一次宇宙大戦勝利記念日に発表を控えていた。この暗雲が、スーパーノヴァ計画と二人の主人公の上に降りかかろうとしていた。過去の因縁に決着をつける時が来たのだ――。