マクロスプラス MOVIE EDITION

イサム、ガルド、ミュンは幼い頃から惑星エデンで共に育った古くからの友人だった。イサムとガルドは航空の道を志し、ミュンは歌手になることを夢見ていた。しかし、高校卒業時、予期せぬ出来事が起こり、三人はそれぞれ別々の道を歩むことになる。ミュンは歌手になる夢を諦め、現実的なビジネスウーマンとなった。 2040年、統合軍はサンダーボルト戦闘機の後継機として、次世代可変戦闘機を開発する「スーパーノヴァ計画」を開始した。その頃、ガルドはゼネラルギャラクシー社のテストパイロット主任として、惑星エデンのニューエドワーズ基地でYF-21のテストを担当していた。一方、統合軍中尉となっていたイサムも故郷に戻り、テストパイロットとしてスーパーノヴァ計画に参加し、競合チームのYF-19のテスト飛行を任される。シャロンのアップル社のマネージャーとなったミュンは、会社のプロモーション活動のためにエデンに帰ってきた。予期せぬ縁で、三人は同時に故郷に戻ることになる。この再会は、彼らが長年心の奥に封印していたわだかまりを呼び覚ました。新たな対立と過去の確執が絡み合い、イサムとガルドはスーパーノヴァ計画の中で激しく競い合うことになる。 一方、統合軍は有人機に代わる無人戦闘機ゴーストX-9の開発を極秘裏に進めており、第一次宇宙大戦勝利記念日に発表を予定していた。その暗い影が、スーパーノヴァ計画と二人の主人公に迫ろうとしていた。今回、彼らは過去の矛盾に最終決着をつけることになる………。