世紀末オカルト学院

物語は1999年、長野県松代区にある「皆神山」というピラミッド型の山の上に位置する私立ブルードシュタイン学園を舞台に繰り広げられる。この学園では不可思議な怪現象が頻繁に起こるため、「オカルト学園」とも呼ばれており、学園長は日々超常現象の研究に没頭し、生徒たちも毎日真面目にその研究を手伝っている。 ある日、学園長である父親が突然亡くなり、娘の神代マヤが学園を引き継ぐことになる。しかし、彼女は超常現象が大の苦手だった。そんな彼女が出会ったのは、2012年からタイムスリップしてきた、元Spoonバンドのロック少年で「タイムエージェント」を名乗る内田文明である。学園で起こる一連の超常現象の謎を解明するため、文明は2012年から1999年に戻ってきたのだ……