怪異専門家・臥煙伊豆湖との邂逅の後、高校三年生・阿良々木暦は奇妙な無人空間で目を覚ます。そこで彼を出迎えたのは、懐かしい笑顔を持つ人物だったが、その場所は恐ろしいほど見知らぬ世界であった。
恋人・戦場ヶ原ひたぎの助けを借りながら、阿良々木は過去の因縁と現在の不可解な事象の網をかいくぐり、答えを求めて進む。しかし運命は再び、風変わりな転校生・忍野扇を彼の前に現れさせ、扇は阿良々木の拠り所そのものを揺るがすかもしれない予期せぬ提案を突きつける。怪異を巡る謎の層を剥がしていくうちに、阿良々木は明かされるべきではなかった真実に辿り着く。
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