西暦2005年、ゾンダーと呼ばれる異星の怪物たちが地底より出現し、東京への攻撃を開始した。これらの存在に対抗できるのは、秘密機関「ガッツィージオイドガード(通称3G)」と、その最終兵器である巨大ロボット・ガオガイガーのみである。ガオガイガーのパイロット、獅子王凱は元宇宙飛行士で、ゾンダーが地球に墜落した2年前、瀕死の重傷を負った。その時、謎の機械獅子ガレオンが炎上するシャトルから彼を救い出し、地球へ連れ帰ったのである。凱の父・レオはガレオンの技術を用いて、息子をサイボーグとして再生。いずれ現れる敵に立ち向かえるよう託した。今、ガレオンをコアとして結成されたガオガイガーは地球を守るため戦う。変形ロボットたちのチーム、そしてゾンダーのコアを浄化する力を持つ少年・護の助けを得て。護は謎のガレオンと何らかの繋がりがあるようだ。
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