青野ケイタは、軍事技術やクラスの女子の話を友人たちとするのが好きな、ごく普通の高校生だ。ある日、クラスに転校してきた幼なじみの賽ヒノキに、ケイタは驚きと喜びを覚える。放課後、ヒノキを追いかけようとしたケイタは、誤って「ボトムワールド」へと迷い込んでしまう。それは、不可解な悲劇により開業中止となった地下遊園地だった。
その場を探検するうちに、ケイタは奇妙なロボットのコクピットにいるヒノキを発見する。彼女は、世界中で発生する不可解な暴力事件を調査する秘密国際組織「モードワープ」と契約を結んだ赤松工業の代理人としてここにいたのだ。ロボットに同乗した二人は、暴走し凶暴化したボトムワールドの各種アトラクションから身を守ろうとする。しかし、脱出は叶わない。そこへ、変身能力を持つ男――「ベターマン」と呼ばれる存在が、彼らの戦いに加勢する。理解できない敵と、数々の謎に満ちた新技術に直面したケイタは、赤松工業に加わり、「アルジャーノン」と呼ぶ力との戦いに身を投じる。
[Written by MAL Rewrite]
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