映画の主題歌「星に願いを」を歌い終えたジミニー・クリケットは、観客に向かって「願いが叶う物語」を語ると告げる。回想シーンで、彼は寒さをしのぐため木工職人ゼペットの作業場に転がり込む。ジミニーは、ゼペットがピノキオと名付けた木製のマリオネットを完成させる様子を見守る。眠りにつく前、ゼペットは星に「ピノキオが本当の少年になりますように」と願う。その夜、青い妖精となった星が作業場を訪れ、ゼペットの願いを叶える。彼女はピノキオに命を吹き込みながらも、彼を操り人形のままに留める。妖精はピノキオに、血肉を持った本当の少年になりたければ「勇敢で誠実で無私であり、良心に従って正邪を見分けられること」を証明しなければならないと告げる。ピノキオは良心の意味がわからず、ジミニーが現れて説明する。青い妖精はジミニーにピノキオの良心役を務めるよう頼み、彼は引き受ける。
ゼペットは願いが叶ったことを知り、歓喜に包まれる。翌日、彼はピノキオを初登校させる。しかし、純真なピノキオは狡猾な詐欺師ホンスト・ジョンとギデオンに唆され、ストロンボリの人形劇に加わるよう仕向けられる。ピノキオはストロンボリの看板役者となるが、翌朝も戻ると申し出たところ、ストロンボリは彼を逃がさないよう鳥かごに閉じ込める。青い妖精とジミニーの助けで脱出したピノキオは、これからは良い子になると誓う。
不幸にも、ゼペットの家に帰る途中、ピノキオは再びホンスト・ジョンとギデオンに騙され、「病気で、唯一の治療法は娯楽島に行くことだ」と信じ込まされる。道中、彼は非行少年のランプウィックと親しくなる。やがてピノキオと他の少年たちは、ジミニーが呆然とする中、賭博・喫煙・飲酒にふけり、娯楽島を破壊し始める。するとジミニーは、島に「ロバ同然の行いをする少年」を本物のロバに変える恐ろしい呪いがかけられており、変身したロバたちがコーチマン率いる悪徳組織によって塩坑やサーカスへ売り飛ばされている事実を発見する。ランプウィックはすぐにロバに変身するが、ピノキオはロバの耳と尾だけの状態で辛うじて逃げ出す。
家に戻ると作業場はもぬけの殻で、青い妖精からの手紙により、ゼペットが娯楽島からピノキオを救おうと海へ出た際、フィガロとクレオもろともモンストロという巨大なクジラに飲み込まれたことを知る。父を救う決意を固めたピノキオは、ジミニーを伴って海の底へ飛び込む。しかし、ピノキオはまもなくモンストロに発見され飲み込まれ、クジラの腹の中でゼペットやペットたちと再会する。ピノキオは脱出計画を立案し、モンストロをくしゃみさせるために木材を燃やす。計画は成功するが、激怒したクジラは彼らを追跡する。最終的に、ピノキオはモンストロが崖に突撃する前に、ゼペットを崖下の洞窟へ無事避難させる。モンストロ撃退後、ジミニーはピノキオが命を落としたことを知る。家では一同がピノキオを悼むが、遠くから見守っていた青い妖精は、ピノキオが己を証明したと判断し、彼を本当
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