この世の果てで恋を唄う少女YU-NO

有馬たくやは、様々な研究を行ってきた歴史学者である父親を最近亡くした学生である。夏休みの間、たくやは行方不明になった父親から奇妙な包みと、様々な並行世界の存在についての情報が記された手紙を受け取る。最初は真剣に受け止めなかったたくやだが、やがて自分が異次元へ移動できる装置を持っていることに気付く。果たして父親は生きているのか？もしそうなら、彼はどこにいるのか？