西暦2058年、人類は太陽系から43光年離れたプサロン星系への移民に成功していた。しかし、異星人「ククトニア」は地球人の大規模な宇宙移民を自らへの侵略と見なし、間もなく戦争が勃発した。
ある日、植民惑星クレアートを訪れた地球調査隊は、惑星の密林で神秘的な石碑を発見する。その頃、ククトニア軍はクレアート星の地球軍基地を襲撃。避難民たちはスペースシャトルで宇宙に浮かぶ大型訓練艦「ジャナス」へと逃げ込んだ。
多大な犠牲を払った末、ジャナスの生存者は13人の子供たちだけとなった。敵軍に捕らわれた両親に再会するため、子供たちは両親が囚われている惑星へ向かう決意を固める。13人の子供たちによる「銀河漂流」が始まった。
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