緑谷出久“デク”と雄英高校ヒーロー科1年A組の生徒たちは、ナブー島での安全プログラムへの参加に選ばれた。より平凡なヒーロー活動での経験を積み、技術を向上させるため、生徒たちは親切な島民たちの小さな頼みごとや日常の手伝いに奔走する。この静かなコミュニティでは犯罪率も低く、すべてが順調に見えたが、新たな敵の出現が生徒たちの勇気を試し、ヒーローとしての能力に挑戦を突きつけることになる。
「ナイン」という名の冷酷な敵は、最強の個性を持つ者のみが支配する社会を築くという邪悪な計画を実現するために必要な、ある「個性」を探し求めていた。ナブー島への攻撃が住民の命を脅かす中、1年A組にとって最優先事項は市民の保護となり、ナインとその悪しき仲間たちの撃破もまた必須となる。明確な戦略が練られるが、デクが親しくなった島の少年・島乃勝己が特別な保護を必要としていることが判明する。少年の安否を案じたデクとクラスメイトたちは、いかなる犠牲を払っても勝己の安全を確保するための計画を新たに立案しなければならない。
邪悪な計画の触媒を求めて破壊を繰り返すナイン。勝己を守るために必死になるヒーローたち。デクと仲間たちは勝利を掴み取ることができるのか、それとも絶望の状況から逃れられなくなるのか。
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