地球被未知的生命体．奇居子破坏，幸存的人类搭乘巨大的宇宙船「希德尼娅」航向星海，没想到奇居子竟然在事隔100年后再度出现。
再次面临灭亡危机的人类，在人类与奇居子所生下的白羽衣紬，以及操纵卫人的王牌操纵士谷风长道的活跃下，暂时击退了奇居子。人类在历经苦战之后终于获得胜利。
在那之后过了10年。希德尼娅的人们享受了一段短暂的和平。紬也偷偷喜欢着成为希德尼娅英雄的长道，就这样过着和平的日子。
但是舰长小林明白。只要奇居子还在，和平的日子就不会长久。于是她发起了赌上人类存亡的最后决战。为了保护所爱的人，希德尼娅的最后一场战斗终于开始。
[简介原文]
———— 身長差15メートルの恋
未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は
巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。
再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや
人型戦闘兵器・衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。
あれから10年－。
シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。
つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、穏やかな日々を過ごしている。
だが、艦長・小林は分っていた。ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。
そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。
愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった
