フルメタル パニック！The Second Raid

様々な波乱を乗り越え、ミスリルの傭兵軍曹・相良宗介と“ウィスパード”の女子高生・千鳥かなめは、平穏な学園生活に戻っていた。宗介は市井の人々との融和を図りつつ任務を遂行する日々を送り、かなめは彼の努力を支えようとする（彼の奇行にしばしば激怒しながらも）。 しかし、平穏が訪れると同時に新たな問題が浮上し始める。独立テロ組織「アマルガム」の出現、そしてミスリル内部の対立は、結束を乱し、連鎖的な失敗と裏切りを引き起こそうとしていた。さらに、新型で強力なアームスレイブの登場は、世界の平和が危機に瀕する中、状況をより悪化させるだけだった。 生死をかけた戦いの中で、かなめと宗介はそれぞれの内なる戦いにも直面する。彼らは正しい選択をし、未来を変えることができるのだろうか？