使徒の脅威が深刻化する中、人類防衛機関は限界に追い込まれ、その最前線にはNERVが立つ。碇シンジと彼の相棒である綾波レイは、新たに二人のパイロット、炎のような式波・アスカ・ラングレーと謎めいた真希波・マリ・イラストリアスの加勢を得る。
巨大な人型兵器エヴァンゲリオンに搭乗し、怪物たちと戦うために特化した武装を駆使して、四人の若き魂は愛する者を守り、迫り来る破滅を食い止めようと必死に戦う。しかし、驚くべき秘密が明らかになるにつれ、英雄たちの最大の試練は怪物そのものではなく、人類そのものとなるのか?
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