主人公ルーン・バレットは、マルドゥック市で暮らす未成年の娼婦である。
賭場を経営する野心家シェルは、頼るもののない彼女を拾い上げ、バレットに全てを与えた。偽りの生い立ち、偽りの過去と現実、それはあたかも一人の人格を書き換えるかのように徹底していた。バレットは自らの心を殻に閉じ込めることを覚え、日々閉ざされた生活に次第に慣れていった。
バレットは、全てを与えてくれたシェルに感謝すべきだと分かっていながらも、自分が誰なのかを知りたいと抑えきれなかった。悲惨な過去を思い出すたび、今ある全てに感謝するしかなかった。ある時、バレットはついにコンピュータで自分の経歴を検索してしまう。この過ちが、彼女の人生を変えた。彼女の行動を知ったシェルは、彼女を焼き殺すことを決断する。
死の淵を彷徨ったバレットは、かろうじて命を取り留めた。マルドゥック市事件の担当官であるドクター・ウフコックは、彼女の全身の皮膚を強化繊維で再生し、彼女を蘇らせた。しかし彼女は新たな選択を迫られることになる。マルドゥック市には、人命保護を目的とした緊急法令――マルドゥック緊急法令09:禁止科学技術使用の特別許可による特殊能力が存在した。バレットはこの能力を得ることができるのか? そして彼女はこれからどう生きていくのか? 彼女の存在価値、殺されようとした理由、彼女はこれら残酷な事実に直面していく。
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