人類の歴史と伝説には、多くの妖怪や魔物の物語が記されているが、それらが実在することを知る者は少ない。その正体は、実は植物生命体であった。日本神話に登場する荒神もまた、この植物生命体なのである。伝説で高天原を追放された天照大神の弟・スサノオは、なんとそれらの首領であった。そして、彼が八岐大蛇から救ったとされる少女・奇稲田姫は、代々転生を繰り返し、荒神を封印するために存在する巫女である。巫女が自然死できない場合、日本中の荒神は同時に死滅するが、巫女が生きている限り、彼らの力は制約される。そのため、歴代の奇稲田姫は当時の政府によって厳重に保護されてきた。荒神たちは幾百年もの間、彼女を殺したいが守らなければならないという矛盾に苛まれてきた。
藤宮紅葉の代になると、事態は変化する。奇稲田の力を継承したのは、双子の姉妹・紅葉と楓であった。奇稲田の血が二分されたことで封印の力が弱まり、荒神たちは次第に力を取り戻し、スサノオまでもがゆっくりと目覚め始める。荒神たちは結界を作り、その中で紅葉を殺し、自らへの影響を断とうとする。しかし、謎の少年・草薙は、荒神たちが手を下す前に紅葉を殺そうとしていた。実は草薙は荒神たちが育てた秘密兵器であり、八岐大蛇が自らの荒神の力を人間の子供に注ぎ込んだ存在、それが草薙であった。彼は支配から逃れるため、紅葉を先に殺し、すべての荒神を滅ぼそうと決意する。だが、次第に彼は紅葉に対して別の感情を抱き始める……
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