とある魔術の禁書目録

ベランダの手すりに、まるで布団のように引っかかっている少女。そんな非現実的な光景が、上条当麻の目の前に広がっていた。最先端の科学が導く学園都市では、超能力が科学技術によって生み出されていたが、それでも「インデックス」と名乗る少女の存在は上条を驚かせた。彼女は十万三千冊の魔導書を所持しているため、魔術師たちから追われていると語る。上条は自らの異能で、少女の魔術を確かに認めた。危険を理由に上条の家を去ったインデックス。普段通り学校へ向かった上条だったが、帰宅すると、血の海に倒れる彼女を発見する。科学と魔術が交差する世界で、上条当麻とインデックスの物語が始まる。