A.I.C.O. -Incarnation-

2035年、日本の研究施設で「バースト」と呼ばれる事故が発生し、急速に拡大・侵食・自己複製を繰り返す「マター」が誕生した。黒部峡谷のダム跡や軍事施設を蛇行しながら広がる敵性マターは、海洋への到達を阻止しようとする任務部隊と、その存在の真相を求める傭兵たちに包囲されていた。 立花アイコは、マターから救出された後、常に医療監視下で暮らしていた。彼女は紙飛行機を作りながら回復を待つ日々を送っていたが、やがて転校生・神崎ユウヤの到来により、学校での平穏な日常は乱される。ユウヤは彼女の身体にいくつかの矛盾を指摘した。なぜ彼女は傷を負わず、なぜ突然車椅子が必要なくなったのか？彼は、アイコが信じさせられてきた以上に、彼女の存在には深い意味があり、バーストを終わらせる鍵を彼女だけが握っていると主張する。 多くの勢力がアイコに注目する中、彼女とユウヤは仲間を集め、包囲網が閉じる前に、汚染された峡谷の最深部へと危険な旅に出なければならない。彼らに向けられた陰謀から逃れるため、二人は水のように流動する敵・マターとの対決に臨む。