「ラグナ母星」から生き延びた人々と、宇宙を漂流する他の人々で構成された「銀河漂流艦隊」は、生存に適した星を探すため、「宇宙少年騎士団」を派遣して探索を続けていた。レオンら4人は太陽系に派遣され、地球を発見するが、その際、偶然にも「銀河大冒険」ゲームをしていたジャイアンとスネ夫を、乗っていた宇宙船に巻き込んで地球を離れてしまった。ドラえもんとのび太、しずかは彼らを救うため、「宇宙救難船」で追跡を開始する。しかし途中、空間跳躍時に強力な電磁波を受けて宇宙船が損傷してしまう。幸い、レオンの宇宙船も同じ場所で跳躍装置の故障により停止しており、ドラえもんたちはレオンの船に乗り込むことができ、偶然にもジャイアンとスネ夫と再会した。
レオンたちが「銀河漂流艦隊」に戻ると、艦隊にはレオンの父リベルトをリーダーとする「独立軍」が加わっていた。独立軍の目的は、武力で生存に適した星を侵略することであり、派遣したスパイ・フレイヤを通じて地球の情報を得て、地球侵攻を計画していた。
レオンは艦隊の神「ユーゴット樹」の導きで母と再会し、その指示により「独立軍」を崩壊させるには、父リベルト司令官を操るアンゲルモアを倒す必要があると知る。ドラえもんとのび太たちの協力を得て、危機は無事に救われる。
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