公元2025年，被称为“机巧”的自动机械突然出现并袭击人类，众多城市化为废墟。人类文明濒临崩溃之际，日本发现了机巧的残骸。为研究机巧武器，名为“东京机巧研究所”的机构应运而生。遵循“以毒攻毒”的古老智慧，以机巧对抗机巧成为人类最后的希望。九年后，基于研究成果的新型武器“Muttsu”诞生，即将投入实战。少年佐上凛与少女御堂柚被选为Muttsu的驾驶员，肩负着人类的未来希望，他们勇敢直面使命。然而，等待两人的却是残酷的命运。