传说每当太阳进入新的活动周期，传说中的宝可梦——被称为极光宝可梦的水君便有可能现身！作为樱木研究所的调查员，小智和小豪前往极光村，探究水君与极光之间的关联。在那里，他们遇见了父亲是极光研究员的少女艾玛，以及生活在雪原上的众多宝可梦。然而，意图夺取皮卡丘的火箭队却突然出现在小智等人面前！我们的英雄们最终能否抵达极光所在之处，与水君相遇呢！？