巴比伦计划阴谋解决三年后，后藤喜一的特车二课队员们已各奔前程。后藤仍坚守在特车二课，与他并肩作战的还有暗恋的战友南云忍。 趁公众对日本陆上自卫队普遍存疑之际，某恐怖组织开始从军队内部策动破坏行动，引发全国范围的大规模民众骚乱。南云发现这场愈演愈烈的恐怖阴谋主使，竟是她的昔日导师兼恋人柘植行仁。 后藤重新集结以驾驶员泉野明为首的原特车二课成员。在带队执行逮捕柘植的任务中，南云必须直面错综复杂的情感羁绊，方能拯救日本于危难。 [由MAL Rewrite撰写]