宇宙世纪0096年。围绕被称为宇宙世纪宪章的拉普拉斯之箱的事件已过去数月。地球联邦军派遣调查团前往漂流在地球圈之外的断裂小行星阿克西斯。调查团中有两名平民身份参与者：阿尔莱特·阿尔玛格与丹顿·海勒格。两人皆曾以工程师和测试飞行员身份为吉翁公国及新吉翁效力。潜入阿克西斯后，调查团在理应无人的基地内遭遇袭击。阿尔莱特与丹顿直面了超乎想象的危机。