U.C.0097，“拉普拉斯之盒”开启后的一年。 尽管承认新人类存在与权利的《宇宙世纪宪章》已然公开，世界的格局却并未发生显著改变。 后来被称为“拉普拉斯事件”的冲突，随着被称为“袖章”的新吉翁残党势力瓦解而被认为已告终结。在那场最后的战斗中，两架全身精神感应骨架的机动战士展现了超越人类理解的力量。白色的独角兽与黑色的狮子被封印，以此将这份威胁从人们的意识中抹除——它们本应已被彻底遗忘。 然而，两年前消失的RX-0独角兽高达三号机，如今即将再度现身于地球圈。金色的不死鸟……其名为“菲尼克斯”。