三年前，名为“迪萨斯”的嗜血异次元种族降临地球，所及之处皆遭毁灭。常规武器对其无效，人类唯一的生存希望，在于与追随迪萨斯来到地球的“灵域”缔结契约而成为魔法少女的战士们。经历惨烈冲突后，魔法少女小队最终获胜，幸存者们被称为“魔法五人组”。 迪萨斯战争结束后，魔法五人组宣告解散。梦源胡桃、米娅·赛勒斯、塔玛拉·沃尔科娃与刘佩佩各自继续着军事服役生涯，而队长大鸟居明日香则选择退役，成为一名普通高中生。然而和平并未持久——敌方似乎同样存在幸存者。当魔法必须由魔法来抗衡，更残酷的战斗阴云笼罩之际，明日香被迫再度投身战场。