叛变的武藏号已被击败，横须贺女子海洋高中的少女们平安归乡。然而，在与武藏号的最终对决中，晴风号遭受了致命损伤，可能再也无法航行。更甚的是，有传言称晴风级将因失去舰船而面临解散。 其他班级试图从晴风号船员中招募成员的行为，只会让局势变得更加扑朔迷离。解决这一严峻问题的答案，或许就藏在晴风号秘书官能登科香子即将传达给船员们的密封指令中。但时间，正一分一秒地流逝……