天人势力袭击江户中央塔已过去两年。万事屋成员自此各奔东西。预见到虚即将回归，坂田银时开始勘察地球灵脉，搜寻对方阿尔塔纳的踪迹。在遭遇仍执着追寻不朽的天人残党后，银时重返江户。 此后，重组的新选组与万事屋向被占据的中央塔发起进攻。由于天人残党飞船残骸所采集的阿尔塔纳濒临暴走，万事屋与盟友们在强敌环伺中背水一战，江户乃至整个世界的存亡悬于一线。为践行恩师吉田松阳的夙愿，门下弟子们再度集结，最后一次回溯往事，誓要夺回属于他们的未来。