公元2045年，人工智能技术取得巨大突破。各国政府将其作为武器投入永无止境的代理人战争，以此维系经济运转。由草薙素子少校率领的雇佣兵组织“GHOST”早已深谙此道。然而，技术的飞速革新正催生着新的威胁。 离开公安九课后，素子与团队成员活跃于全球各地的代理人战争相关行动中。一次看似简单的军火商追踪任务，却将GHOST卷入与生化改造人的隐秘冲突——这些被称为“后人类”的个体莫名获得了超凡的智能与体能。他们的出现引发连锁事件，促使九课成员再度集结。肩负全新使命的素子与重建的团队，必须阻止后人类将世界引向混沌的深渊。