《未来卡片 神搭档斗》的故事背景设定在原作《未来卡片 搭档斗》结局的23年后。主角是高潮御门的儿子——御门优河，他初次接触到了搭档斗卡牌游戏。当他开始游玩时，便迅速觉醒了战斗本能，在短时间内成长为一名惊人的搭档斗士。这份天赋为他带来了全新对手与伙伴的挑战。然而，名声与快乐总是伴随着代价。 这就是搭档斗的崭新时代！