第五次圣杯战争仍在继续，随之而来的混乱使所有参与者的赌注更高。卫宫士郎继续参与战争，渴望成为拯救所有人的正义英雄。他开始寻找神秘黑影及其连环杀戮背后的真相，决心将其击败。 与此同时，间桐慎二启动了自己的计划，通过他的妹妹间桐樱威胁士郎。士郎和远坂凛与慎二交战，希望能将樱从她哥哥的虐待中解救出来。但间桐兄妹丑陋的真相开始浮出水面，许多黑暗的秘密被揭露。 《命运/停驻之夜 剧场版：天之杯 II.迷失之蝶》继续聚焦于剩余的御主和从者，他们为了获得圣杯而相互争斗。然而，随着黑暗在冬木市涌现，甚至他们神圣战争的状态也可能岌岌可危。