收到怪盗基德的预告函后，著名女演员牧树里委托私家侦探毛利小五郎保护被称为“命运宝石”、象征信仰、命运与希望的星蓝宝石。自认为已破解基德谜题的小五郎，亲自前往树里主演舞台剧《约瑟芬》的新建太空剧场，意图当场擒获基德。 次日，为庆祝击退基德与舞台剧成功，树里邀请柯南一行人前往她的度假别墅。然而飞往别墅的途中发生命案，使得原本的欢庆气氛骤然崩塌。这起看似偶然的事件，却引发了一连串足以酿成空难的危机。柯南与宿敌基德不得不联手合作，为拯救挚友与全体乘客的性命而共同奋战。 [由MAL Rewrite撰写]