在东京发现恶魔的存在后，吉尔摩博士率领的初代赛博格小队与恶魔人发生了冲突——这位强大的恶魔被认为与发战争财的恐怖组织“黑幽灵”有所勾结。与此同时，当黑幽灵科学家亚当斯博士派出其新一代青少年型赛博格军团袭击009及其同伴时，更大的威胁降临了。