在发现真正的敌人面容后——那位与阿基德有所关联、并对其施加Geass之人——W-0部队试图返回维斯沃尔夫城堡基地。然而，因军籍身份问题受困于华沙的他们，被迫接受当地吉普赛人的援助，小队成员也借此机会加深了彼此羁绊。 与此同时，不列颠顾问尤菲米亚·K·布里塔尼亚与其护卫枢木朱雀开始与圣米迦勒骑士团联手，凭借名为“方舟舰队”的巨型毁灭性武器，意图彻底镇压欧洲抵抗势力。