故事发生在东京峰会会场——巨大海洋边缘设施突发爆炸。隶属于警察厅警备局、代号“零”的安室透的身影出现在现场。此外，这位拥有三重面孔的人物，既是侦探安室透、毛利小五郎的弟子，也是黑衣组织成员波本。小五郎因爆炸案嫌疑遭逮捕。柯南为证明其清白展开调查，却遭遇安室透的阻挠。