随着高中骑斗大赛的落幕，井吹コウジ开始被新的噩梦侵扰。名无 Tatsunagi 派遣水コウ将其召至宅邸，众人发现他竟能窥见名为“圣域”的黑暗之塔。这座高塔正不断篡改历史进程，而修正时间线的唯一方法，是让コウジ率先纠正自己未来的过错。如今コウジ与水コウ必须穿越平行世界“if”，见证先导爱知与朱夏变身为魔法少女，召唤先导者单位协助修复历史。然而两人的力量杯水车薪——用卡牌对战真实存在的怪物，终究难以扭转战局。