随着先锋高中甲子园大赛的落幕，井吹浩二开始被新的噩梦侵扰。龙名ノーメ让水光将他召唤至宅邸，他们发现浩二能看见一座名为“圣域”的黑暗之塔。圣域正导致整个历史的时间线发生扭曲，而修正历史的唯一方法，是浩二必须先纠正自己未来的错误。如今，浩二与水光必须穿越平行世界“if-”，见证魔法少女先导爱知与珠洲如何召唤先锋单位协助修正历史。遗憾的是，两人能做的十分有限——因为与真实怪物进行卡片对战，终究收效甚微。