本作改编自游戏《梦幻之星在线2》共五章剧情中的第一至三章，并加入部分动画原创内容。 第一章：在纳贝流士星的资格考核中，玩家与ARKS训练生阿芬遭遇了名为达卡的邪恶生物袭击。随后，两人发现了一名失去大部分记忆的神秘少女，并逐渐揭开了纳贝流士星的真相以及达卡活动激增背后的秘密。 第二章：剧情围绕玩家与真绪共同展开，他们试图揭露关于ARKS起源与目的的黑暗阴谋。 第三章：哈鲁科坦星的发现带来了新的任务——居住在这颗星球上的白之民与黑之民原本和平共处，却因黑之民突然发动的袭击而陷入动荡。新组建的ARKS受命调查事件缘由，而真相似乎比预想中更为复杂骇人…… （来源：phantasystar.fandom.com）