幕末时代，年轻志士们为国家前途忧心如焚。长州浪士高杉晋作与同伴桂小五郎潜入幕府船只，搜寻一件传闻中能操纵时间的神秘“时计”——他们担忧幕府欲将其据为己有。为避免此等力量落入恶人之手，高杉决意摧毁这件秘宝。然而得手之际，时计竟遭神秘窃贼夺走，二人只得追随其踪迹前往幕府要地京都。抵达都城后，他们却发现幕府已被颠覆，取而代之的是统治天下的神明须佐之男。街巷风貌与往来行人皆与记忆中大相径庭。时代虽已骤变，使命却未更改——高杉与桂誓要扭转时空，从篡夺历史的邪恶势力手中拯救故国。