继《战姬绝唱Symphogear G》的事件后，立花响、风鸣翼和雪音克莉丝继续在风鸣弦十郎的指挥下执行任务。与此同时，玛丽亚·卡登扎夫娜·伊芙、晓切歌和月读调则被置于保护性监护之中。随着和平的恢复，众人回归了日常生活；然而，炼金术师卡萝·玛尔斯·迪恩海姆及其部下“自动人偶”的出现，却可能将所有人再度卷入纷争。
卡萝掌握着奇异而强大的魔力，企图引发终焉之兆，为世界带来毁灭……为此她不惜牺牲一切。面对这位神秘的新敌人，六位战姬绝唱者必须挺身而出，守护心中珍视之物。然而，在这场关乎世界命运的决战中，卡萝与她的自动人偶军团，是否会成为她们无法逾越的强敌？
