御坂美琴和她的伙伴们再度归来，在学园都市中调查各种传闻。不久后，美琴发现了一件骇人听闻的事：整座城市正进行着惨无人道的实验，数千名能力者遭到杀害。更令人震惊的是，这些能力者并非普通人——她们全是美琴本人的克隆体。出于对克隆体遭遇的责任感，她决心终结实验；然而阻挠她的势力远比预想中危险，美琴不得不直面那些超乎想象的强大能力者。
《某科学的超电磁炮S》延续了“超电磁炮”的故事，她为终结那些自认因己而起的非人道实验拼死奋战，人生也因此被拖入绝望的深渊。学园都市从不缺少惊心动魄的时刻，但并非所有经历都令人愉悦。
[由MAL Rewrite撰写]
