忍者……忍者曾是……无情的半神,在忍者治世的时代以其空手道统治日本。然而,"某些"忍者实施了禁忌的切腹仪式,将灵魂封存于金阁寺以待未来复活。他们失落的历史遭到篡改与掩埋,关于这些忍者的真相早已被遗忘。
如今,在义体科技与电子网络普及化成为主宰的未来,来自数千年前的邪恶忍者灵魂骤然苏醒,降临于新埼玉的黑暗阴影中。藤木户健司,一位妻儿在忍者地盘争斗中丧命的上班族,在濒死之际被神秘的忍者灵魂附身。藤木户因而逃过死劫,化身为忍者杀手——一位注定斩杀邪恶忍者、投身于私人复仇战争的死神。
故事背景设定于反乌托邦的新埼玉地下世界,忍者杀手将在生死对决中迎战双海联合的忍者。