1923年,东京陷入吸血鬼危机。由于非法交易人造血源“阿斯克拉”,城市中的吸血鬼数量开始激增。在中岛壮之介中将的命令下,特殊部队第十六分队集结了军中的吸血鬼,组建了一支名为“零号机关”的秘密吸血鬼讨伐部队。
部队由前田义信大佐领导。他肩负着追查阿斯克拉交易源头、捕获并消灭吸血鬼的重任,同时面临日益增长的批评压力——这些批评威胁着部队的存续,迫使他必须尽快取得成果。更糟糕的是,部队中的吸血鬼成员正艰难适应自己不再是人类的事实,努力掌控新获得的力量与身份。在全世界都与他们为敌的境况下,零号机关的成员必须设法遏制这场危机,否则将沦为自身恶魔本性的牺牲品。