在与巨人种族杰特拉迪的毁灭性战争后，人类搭乘名为“Macross Frontier”的殖民船队向银河中心逃亡。随着外星威胁被逐渐抛在身后，Macross Frontier上的生活如常运转。
公元2059年，年轻的机甲飞行员候补生早乙女阿尔特与同僚们正为前来Macross Frontier举办演唱会的著名歌姬雪露·诺姆进行伴飞排练。演出期间，被称为“Vajra”的生化机械外星种族突然出现，突破飞船防御圈坠毁在演唱会场地附近，整个都市陷入混乱。观众疏散时，少女兰花·李被遗落并遭Vajra袭击，千钧一发之际被阿尔特所救。此役过后，战略军事服务部门注意到阿尔特的战斗才能，将其征召入伍以对抗新的外星威胁。
[由MAL Rewrite撰写]
