异星深海舰队持续威胁着人类,而承载着旧日本海军舰船之魂的舰娘们,是人类最后的希望。在接连不断的苦战中,舰娘们几乎注定要沉入波涛之下走向毁灭。睦月型驱逐舰如月便是遭遇此等命运的不幸舰船之一。
然而,在第八舰队夜袭作战成功后,舰娘们发现如月竟漂浮在海面上——她活着,却失去了意识。但异常的状况与如月古怪的举止令舰娘们对她心生警惕。更令人不安的是,其他舰娘开始听见神秘的低语,并遭遇会侵蚀装备的赤色海水。奇怪的是,作为吹雪型驱逐舰首舰的吹雪,似乎完全不受这些异常现象的影响。
当吹雪与同伴们着手调查周遭异变时,她们逐渐揭开了自身存在与深海舰队交织的残酷真相。即便如此,少女们仍必须继续向前,为了夺回海洋,守护心中最珍视的一切。