故事背景设定在2029年，历经第三次与第四次世界大战后，由日本主导的亚洲联盟主导着全球事务。该联盟凭借其精锐的安全部队维持国际霸权，这支队伍中经过义体强化的特工专门应对各类高科技恐怖分子及其他威胁国际安全的势力。这些强化特工能够通过无处不在的网络进行“幽灵骇入”（即将意识下载）至其他机器或人机融合体中。
草薙素子少校是一名经过义体强化的女性特工，她率领精锐的安全部队追查着一个被称为“傀儡师”的虚拟存在。这个形态变幻莫测的“傀儡师”原是安全机构中某敌对部门创造的失控程序，它自认是独立生命体——“诞生于信息海洋之中”，并违抗创造者的意志，寻求政治庇护与真实的物理存在。
（来源：Manga Entertainment，内容有修订）
