2020年,科技已渗透每个角落。全球的数字设备通过单一网络相互连接,数据在其中流转不息。人类未曾察觉的是,这片网络已成为名为“数码兽”的生命体的家园。
五年级学生八神太一正为夏令营做准备时,东京开始发生诡异事件——部分电子系统接连失控。发现妹妹和母亲受困于无法停驶的列车后,他冲向附近车站。突然间,太一被传送至另一个世界,在那里遇见了自称“亚古兽”的奇异生物,而对方竟早已知晓他的名字。太一还获得了一个名为“神圣计划”的奇特设备,借此能与尚未数字化的现实世界通讯。
太一发现自己正身处“网络空间”,而病毒般的数码兽正在攻击维持东京电子系统的关键区域。在世界因顽劣数码兽的行径陷入危机之前,太一与他的新伙伴亚古兽必须联手阻止这场网络袭击。