从战火纷飞的刚达拉与尼亚斯亚世界归来后,空操弹马与伙伴们继续着地球的日常生活。如今一年过去,因外星入侵而遭受重创的虚拟战斗空间“爆丸次元”终于恢复运转,再度成为斗士们集结与挑战自我的圣地。
然而人们发现,每当弹马的爆丸——炎之龙斗士在战斗中释放力量,次元空间便会产生新的紊乱。弹马无法完全掌控由爆丸之母“代码夏娃”赐予的惊人力量,更难以抑制体内封存的机械巨神。当这股力量失控时,神秘的机械实体便会席卷战场,无差别地攻击所有对手。
更糟糕的是,爆丸次元正面临再度入侵的危机。某位神秘幕后黑手不断向系统投放变异混沌爆丸,企图操控斗士意识并夺取虚拟世界的统治权。为迎接不可避免的决战,弹马必须设法压制机械巨神的破坏之力,并再度集结爆丸斗士们共同抗敌。