公元2039年,海平面开始攀升至前所未有的高度,人类陷入存亡危机。雪上加霜的是,名为"海雾舰队"的强大敌人——形似旧时代战舰的武装力量——横行海域,切断了各地区间的通讯与交通。
面对海雾舰队,人类现有的一切反击尝试均告失败。唯有千早群像,作为友方海雾潜艇伊-401伊欧娜的舰长,拥有与之抗衡的可能。因此,日本政府将一项至关重要的运送任务托付给群像及其船员组成的"蓝钢"部队:他们必须穿越危机四伏的海域,将人类对抗海雾的最后希望——振动鱼雷弹头——护送至美国进行大规模生产。
尽管卷入这场残酷的冲突,蓝钢成员始终致力于寻求和平的解决之道。在伊欧娜执行当前任务及后续使命的过程中,全体船员即便面临严峻考验,也始终坚守着他们的信念。