学园都市处于科学与技术发展的最前沿,其最著名的成就是开发了“能力者”——那些能够运用超能力、改写现实规则的存在。其中最强的一批被称为“等级5”,而即便因严重的脑损伤而实力削弱,被称为“一方通行”的少年仍位居顶点。在他身边的是名为“最后之作”的少女,尽管他外表冷漠,却将她紧紧守护,并誓言不惜一切代价保护她。
虽然一方通行仍在伤势恢复中,但学园都市的暗面从未停歇,他因此不情愿地被卷入新的纷争。当一名神秘的年轻女性为追寻最后之作而接近一方通行时,这位最高等级的能力者遭遇了一个已渗透进学园都市治安组织“警备员”内部的恶毒集团。随着威胁最后之作及其克隆姐妹的险恶势力开始行动,这位自诩为“恶党”的少年,准备再次踏入黑暗之中。