遊馬が優勝した「WDC（ワールド・デュエル・カーニバル）」が閉幕し、ハートランドシティに平和が訪れた。 遊馬とアストラルも仲間たちと共に学園生活に戻り、デュエルを楽しんでいた。 一方その裏では、アストラルの記憶の欠片「No.（ナンバーズ）」を狙う者たちが暗躍する。 それは、アストラル世界と敵対するバリアン世界であった。 彼らはエクシーズモンスターを混沌へと変える「RUM（ランクアップマジック）」を切り札に、遊馬たちの前に立ちはだかる！ 遊馬とアストラルは、バリアンの想像を超えるデュエルに愕然とする……。 しかしこの危機に、遊馬の「アストラル世界を救いたい！」という強い決意に打たれた天城カイトと神代凌牙が再集結。 3人は仲間との絆を胸に、切り札モンスターを駆ってデュエルに挑む！ 遊馬とアストラル新たなる戦いが、今始まる！！