近未来都市「ハートランドシティ」では、大人から子供までがARデュエルに熱中していた。AR（拡張現実）デュエルとは、D・ゲイザーとD・パッドを使用し、地面や空、建物からモンスターが飛び出して激突する、超迫力のデュエルのこと！ ハートランドシティに住む主人公・九十九遊馬もカードデュエルに夢中だが、その実力は初心者レベルの連敗街道まっしぐら。ある事件をきっかけに、遊馬は学園一の問題児・神代凌牙とデュエルで対決することに。このデュエルが、遊馬の運命を大きく変える……！激闘の最中、遊馬の夢にいつも現れる不気味な大門が突然現れる。固く閉ざされた門が開かれた瞬間、無数の光が溢れ、ふと傍らを見上げると……そこには異世界から来た謎の生命体・アストラルが立っていた！アストラルが失った記憶を取り戻すため、99枚の「No.（ナンバーズ）カード」を集めるべく、2人は行動を共にし始める。 アストラルが現れた真の目的とは？そして新たなモンスター「No.モンスター」の正体は？次々と遊馬の前に現れる強力なライバルたち。そしてアストラルに秘められた謎が明らかになっていく。このコンビが紡ぐ新たなデュエル伝説、今、幕を開ける！！